Основной причиной гибели цивилизации Наска учёные, до недавнего времени, считали катастрофическое наводнение, происшедшее в этих местах примерно в 500 году нашей эры. Однако исследования перуанских и английских учёных позволяют утверждать, что народы Наска внесли весомый вклад в гибель некогда процветающих территорий. В результате бурной хозяйственной деятельности плодородные долины со временем превращались в безжизненные пустыни, а нахлынувшее наводнение поставило окончательную точку в существование древней культуры.

К такому заключению пришли исследователи, проанализировав состав почвы в долине реки Ика, протекающей в южной части Перу. Учёных интересовало наличие пыльцы растений в различных слоях грунта. На 1,5 метровой глубине большую её часть составляла пыльца дерева хуаранго, широко распространенного в этой местности. Хуаранго хорошо приспособлено для произрастания на засушливых территориях. В поисках влаги его мощная корневая система способна проникать глубоко в грунт, тем самым защищая плодородные слои почвы от ветровой эрозии и вымывания. Таким образом, можно утверждать, что в конце прошлой эры долину Наска широко покрывали хуаранговые леса, служившие естественным барьером для надвигающейся пустыни, земли долины были плодородны и способствовали широкому развитию земледелия.

В начале нашей эры, соответственно в слоях грунта на глубине 1,2 м к пыльце хуаранго в значительной степени добавляется пыльца хлопка и кукурузы, что говорит нам о начале развития земледелия на данных территориях. На глубине 0,8 м, что соответствует ориентировочно 2 – 3 веку н.э. пыльца культурных растений практически полностью вытесняет пыльцу хуаранго. Значит, леса покрывающие долину вырублены, а земли распаханы, экологическая система долины полностью изменена человеком. Кроме того учёными обнаружено множество пней деревьев хуаранго доказывающих, что деревья были именно вырублены, а не погибли в силу каких-либо естественных причин.

И наконец, в верхних слоях грунта, на глубине 0,5 м, что соответствует примерно 4 веку нашей эры пальца хуаранго, а также хлопка и кукурузы вообще не содержится. Учёным удалось обнаружить лишь присутствие пыльцы растений Маревых и Амарантовых родов, способных проживать даже в солёной воде. Это служит неоспоримым доказательством произошедшего в данной местности наводнения, которое окончательно погубило некогда плодородные земли.

Таким образом, можно утверждать, что ответственность за гибель долины Наска лежит на местном населении, бездумно разрушившем веками сложившуюся экосистему, которая без вмешательства человека наверняка смогла бы пережить, а возможно уже и переживала в прошлом аналогичные природные катаклизмы.